Skladišče je mogoče zbrisati samo v primeru, da ni bil nikoli uporabljen na nobenen dokumentu (dobavnici, prevzemnici, medskladiščnici, računu, itd). V nasprotnem primeru je potrebno skladišče deaktivirati (glej sliko spodaj). V tem primeru ne bo mogoče skladišča več izbrati na novih dokumentih. Na starih bo še vedno izpisan.
Lahko se deaktivira tudi skladišče, ki ima zalogo. V tem primeru se bo skladišče in zaloga še vedno izpisala na poročilih, ki prikazujejo zalogo (npr. Izpis zaloge na Skladišču) ali pri inventuri. Če želite zalogo skladišča izprazniti, lahko izdelate medskladiščnico ali delno inventuro.
